Hệ thống chính quyền của Công ty Đặc hứa Bắc Borneo dựa trên cấu trúc chính quyền tiêu chuẩn của Đế quốc Anh, theo đó lãnh thổ được chia giữa các tòa thống sứ, và được chia tiếp thành các huyện. Ban đầu, Bắc Borneo chỉ có hai tòa thống sứ là East Coast (Bờ Đông) và West Coast (Bờ Tây), các tòa thống sứ lần lượt đặt tại Sandakan và Jesselton. Mỗi phủ thống sứ được chia thành các tỉnh, về sau gọi là huyện, do công chức huyện điều hành. Đến năm 1922, có 5 phủ thống sứ nhằm phù hợp để phát triển các khu vực mới, chúng gồm có West Coast, Kudat, Tawau, Interior và East Coast. Các phủ thống sứ này được chia thành 17 huyện. Theo hệ thống này, các chức vụ đứng đầu thuộc về người Anh, còn các tù trưởng bản địa quản lý cư dân ở cấp cơ sở. Đây không phải là do người Anh muốn thi hành cai trị gián tiếp, mà là nhằm tạo thuận lợi cho các công chức huyện vốn không quen thuộc với phong tục và chính trị địa phương.

Chính quyền công ty lập ra nền tảng cho phát triển kinh tế tại Bắc Borneo bằng cách khôi phục hòa bình vì tại đây nạn cướp biển và xung đột bộ lạc vốn đã phát triển lan tràn. Chính quyền bãi bỏ chế độ nô lệ và lập các dịch vụ giao thông, y tế và giáo dục cho nhân dân, và cho phép các cộng đồng thổ dân tiếp tục phương cách sinh hoạt truyền thống của họ.[58] Lực lượng cảnh sát Bắc Borneo vào năm 1883 gồm có ba người Âu, 50 người Ấn (Sikh và Pashtun), 30 người Dayak, 50 người Somalia và 20 người Mã Lai.[59] Các cảnh sát viên được đào tạo tại trại huấn luyện trung bình ba ngày mỗi tuần.[60] Năm 1884 lực lượng này có tổng cộng 176 thành viên,[59] và tăng lên khoảng 510 trong vòng ba năm.[60] Do là lãnh thổ bảo hộ nên các quan hệ quốc tế nằm trong phạm vi của chính phủ Anh, còn nội vụ do Công ty Đặc hứa Bắc Borneo cai quản với tư cách một nhà nước độc lập.[61] Hiệp định được ký kết vào ngày 12 tháng 5 năm 1888 quy định:

Bắc Borneo, 1888.Hiệp định giữa Chính phủ Anh và Công ty Bắc Borneo thuộc Anh về thành lập lãnh thổ bảo hộ thuộc Anh. —Ký kết tại London, 12 tháng 5 năm 1888.[61]

I. Nhà nước Bắc Borneo bao gồm các lãnh thổ được quy định trong hiến chương hoàng gia đã nêu, và các lãnh thổ khác mà công ty đã thu được, hoặc có thể thu được trong tương lai, ‘theo các khoản trong Điều XV của hiến chương đã nêu.
Lãnh thổ được chia thành 9 tỉnh là:

Tỉnh Alcock;Tỉnh Cunliffe;Tỉnh Dent;Tỉnh Dewhurst;Tỉnh Elphinstone;Tỉnh Keppel;Tỉnh Martin;Tỉnh Mayne;Tỉnh Myburgh.

II. Nhà nước Bắc Borneo sẽ tiếp tục cai trị và quản lý của công ty với tư cách là một nhà nước độc lập, phù hợp với các khoản trong hiến chương đã nêu; dưới sự bảo hộ của Anh; song sự bảo hộ như vậy sẽ không trao quyền cho Chính phủ của Điện hạ được can thiệp vào quản lý nội bộ của Nhà nước ngoài quy định ở đây hoặc hiến chương của công ty.
III. Quan hệ giữa Nhà nước Bắc Borneo và toàn thể các nhà nước bên ngoài khác, bao gồm các nhà nước Brunei và Sarawak, sẽ do Chính phủ của Điện hạ thực hiện, hoặc phù hợp với chỉ đạo của họ; và nếu có bất kỳ khác biệt nào xuất hiện giữa Chính phủ Bắc Borneo và bất kỳ nhà nước nào khác, thì Công ty với tư cách là đại diện cho Nhà nước Bắc Borneo sẽ đồng ý tuân theo quyết định của Chính phủ của Điện hạ, và tiến hành tất cả những điều cần thiết để có hiệu lực.
IV. Chính phủ của Điện hạ sẽ có quyền lập viên chức lãnh sự của Anh tại bất kỳ nơi nào trên các lãnh thổ đã nêu, họ sẽ nhận được công nhận lãnh sự nhân danh Chính phủ Bắc Borneo. Họ sẽ được hưởng bất kỳ quyền lợi nào thường được trao cho các viên chức lãnh sự, và họ sẽ được cho quyền tre-o quốc kỳ Anh tại dinh thự và công sở của mình.
V. Các thần dân, hoạt động thương nghiệp, và tàu của Anh sẽ được hưởng cùng quyền lợi, đặc quyền và thuận lợi như thần dân, hoạt động thương nghiệp và tàu của quốc gia được ưu tiên nhất, cũng như bất kỳ quyền lợi, đặc quyền và thuận lợi nào khác mà thần dân, hoạt động thương nghiệp và tàu của Bắc Borneo có thể được hưởng.
VI. Không có việc Chính phủ Bắc Borneo cắt nhượng hoặc chuyển nhượng bất kỳ bộ phận lãnh thổ nào của Nhà nước Bắc Borneo cho bất kỳ nhà nước bên ngoài nào, hoặc thần dân hoặc công dân của họ, mà không có ưng thuận của Chính phủ của Điện hạ; song hạn chế này sẽ không áp dụng cho việc cấp hoặc thuê nhà đất thông thường cho các cá nhân tư nhân nhằm mục đích cư trú, nông nghiệp, thương nghiệp hoặc kinh doanh khác.